Doctorant

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Intérêts scientifiques

Mes recherches portent sur l'écologie microbienne, allant du sol aux hôtes végétaux, animaux et humains. Je suis vraiment intéressé à étudier et à comprendre les interactions entre les microbes et leurs environnements et entre eux. Au cours de mon projet de master, j’ai eu l’occasion d’étudier les bactéries responsables de la formation d’endospores sur un site volcanique en Grèce (île de Nisyros) à l’aide de méthodes culturales et non-culturales et ainsi d'évaluer le rôle de la formation d'endospores en tant que stratégie de survie aux conditions environnementales changeantes de ces habitats. Pour ma thèse de doctorat, je m'intéresse aux interactions entre bactéries et champignons dans le contexte de la santé humaine et comment nous pouvons utiliser les bactéries comme agents de lutte biologique contre les agents pathogènes fongiques.

Formation

• Oct. 2016 – Présent         Doctorat en microbiologie, Université de Neuchâtel.

• 2014 – 2016        Master universitaire en sciences biologiques, spécialisation en écologie et environnement, évolution et biodiversité, Mention Bien, Université de Neuchâtel.

• 2011 – 2014        Bachelor of Sciences en biologie, mention bien, Université de Neuchâtel.

Expériences en recherche

• Oct. 2016 – Présent    Thèse de doctorat, Laboratoire de microbiologie, Université de Neuchâtel.

“L’oxalotrophie comme alternative thérapeutique au contrôle des champignons pathogènes”
Superviseur: Prof. Pilar Junier

• Jan. – Juillet 2019        Chercheur invité, Laboratoire de biologie de l'hôte et des agents pathogènes, Biosécurité et santé publique, Division des biosciences, Laboratoire national de Los Alamos, Los Alamos, Nouveau-Mexique, États-Unis.

«L'oxalotrophie bactérienne en tant que mécanisme biologique de contrôle de l'aspergillose dans un système de poumon sur puce»
Superviseurs: Dr. Jennifer Foster Harris, Dr. Patrick S. G. Chain

• Avril 2015 – Août. 2016    Master, Laboratoire de Microbiologie, Université de Neuchâtel.

    “Sporuler ou non: prévalence des firmes formant des endospores le long d'un gradient thermique dans le cratère Alexandros (Nisyros, Grèce)”
Superviseurs: Prof. Pilar Junier, Dr. Sevasti Filippidou.

• Jan. – Fév. 2015       Stage, Laboratoire de biotechnologie de l'environnement (LBE), Institut fédéral suisse de technologie (EPFL).

    “Effet du chaperon moléculaire PceT sur la production hétérologue de la déshalogénase réductrice PceA”.
     Superviseur: Dr. Julien Maillard.

• Sept. – Déc. 2014        Stage au laboratoire de microbiologie de l'Université de Neuchâtel.

           Projet de stage au sein du projet BIOPATINA.

Expériences d'enseignements

• Sep. – Déc. 2019        Assistant de thèse pour les travaux pratiques en microbiologie pour les étudiants de 2e année en biologie, Laboratoire de microbiologie, Université de Neuchâtel.

• Sep. – Déc. 2018        Assistant de thèse pour les travaux pratiques en bactériologie et en mycologie pour les étudiants de biologie de 2e année au Laboratoire de microbiologie de l'Université de Neuchâtel.

• Fév. – Mars 2018        Assistant de thèse pour l'apprentissage par la résolution de problèmes en microbiologie de la 3ème année en biologie au Laboratoire de microbiologie de l'Université de Neuchâtel.

• Nov. – Déc. 2017        Assistant de thèse pour les travaux pratiques en bactériologie pour les étudiants de 2e année en biologie, Laboratoire de microbiologie, Université de Neuchâtel.

• Fév. – Mars 2017        Assistant de thèse pour l'apprentissage par la résolution de problèmes en microbiologie de la 3ème année en biologie, Laboratoire de microbiologie de l'Université de Neuchâtel.

• Sept. – Déc. 2016        Assistant de thèse pour les travaux pratiques en bactériologie pour les étudiants de 2e année en biologie et pour les travaux pratiques en bioinformatique pour les étudiants de Master au Laboratoire de microbiologie de l’Université de Neuchâtel.

• Sept. – Oct. 2015        Etudiant-assistant aux travaux pratiques en biologie moléculaire pour les étudiants de 3e année en biologie (24 heures), Laboratoire de microbiologie, Université de Neuchâtel.

• Sept. – Oct. 2014         Etudiant-assistant aux travaux pratiques en biologie moléculaire pour les étudiants de 3e année en biologie (24 heures), Laboratoire de microbiologie, Université de Neuchâtel.

Publications        

(* contribution égales des auteurs)

1.    Sevasti Filippidou, Marion Jaussi, Thomas Junier, Tina Wunderlin, Nicole Jeanneret, Fabio Palmieri, Ilona Palmieri, et al. 2016. “Anoxybacillus geothermalis Sp. Nov., a Facultatively Anaerobic, Endospore-Forming Bacterium Isolated from Mineral Deposits in a Geothermal Station.” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 66 (8). Microbiology Society: 2944–51. doi:10.1099/ijsem.0.001125.

2.    Fabio Palmieri*, Aislinn Estoppey*, Geoffrey L. House, Andrea Lohberger, Saskia Bindschedler, Patrick S. G. Chain, Pilar Junier. 2019. "Oxalic Acid, a Molecule at the Crossroads of Bacterial-Fungal Interactions."  Advances in Applied Microbiology. Vol. 106. 49-77. doi:10.1016/bs.aambs.2018.10.001.

3.    Christophe Paul, Sevasti Filippidou, Isha Jamil, Wafa Kooli, Geoffrey House, Aislinn Estoppey , Mathilda Hayoz, Thomas Junier, Fabio Palmieri, Tina Wunderlin, Anael Lehmann, Saskia Bindschedler, Torsten Vennemann, Patrick S. G. Chain, Pilar Junier. 2019. "Bacterial Spores, from Ecology to Biotechnology."  Advances in Applied Microbiology. Vol. 106. 79-111. doi:10.1016/bs.aambs.2018.10.002