La création du laboratoire de microbiologie (LAMUN), en 1978, à l'Institut de Botanique de l'Université de Neuchâtel est à la fois le fruit du maintien d'une tradition et d'un renouveau. La mycologie a été illustrée à Neuchâtel dès la fin du XVIIIe siècle par Jean-Frédéric de Chaillet, au XIXe siècle par Paul Morthier et Louis Favre, puis au XXe par Eugène Mayor, Paul Konrad et Charles Terrier. La reprise par ce dernier, en 1963, de l'enseignement de bactériologie préalablement assumé par le Dr. J. Clerc, directeur du laboratoire cantonal de bactériologie, a consacré le "mariage" des champignons et des bactéries au sein du laboratoire de "Cryptogamie".

En 1978, la reprise de la direction du laboratoire le Prof. M. Aragno a permis de donner une impulsion particulière à l'écologie bactérienne. En parallèle, la partie mycologie, dirigée par le Prof. Daniel Job, a été maintenue. Celle-ci a connu un développement considérable ces dernières années.

Depuis le 1er janvier 2010, le laboratoire est dirigé par la Prof. Pilar Junier, nommée Professeure assistante en microbiologie. Au sein de l'Institut de Biologie de l'Université de Neuchâtel, la Prof. Junier et son équipe continuent ainsi à développer des projets de recherches et des enseignements dirigés vers l'écologie microbienne.