L'Institut de sociologie réunit les enseignements et les recherches effectués dans deux domaines principaux : la sociologie et l'économie territoriale.
L'Institut de sociologie est partenaire de la Maison d'Analyse des Processus Sociaux (MAPS)

La sociologie est l’étude des fondements de la société, de la vie sociale et de la structure sociale. Elle est une science sociale qui vise à décrire, analyser, comprendre et expliquer les rapports que les individus entretiennent dans leurs contextes. Elle cherche à expliquer comment s’organise et se transforme une société, quels en sont les règles, les pratiques et les modes de pensées qui y sont associés. Pour remplir ce rôle, la sociologie est soucieuse d’une distanciation critique et scientifique, refusant de se cantonner aux idées reçues, aux préjugés et au dogmatisme, même si ceux-ci, bien sûr, peuvent être l’objet d’études. S’attachant aux domaines les plus divers, elle se penche notamment sur les grandes préoccupations actuelles que sont le développement durable, les inégalités, la migration et la violence.
Cette discipline puise dans une large tradition théorique et empirique et fournit des éléments d'explication sur toute une série de questions et d’enjeux dans les domaines les plus divers tels que le travail, la consommation, la famille, la religion, l’économie, les inégalités, l'école, les médias, l’environnement,… Plus concrètement, et à titre d’exemples, les sociologues tentent de répondre aux questions suivantes : quelles sont les valeurs du travail aujourd’hui ? De quelles manières les enfants de migrants vivent-ils leur double appartenance culturelle ? Qu’est-ce qui incitent les jeunes à consommer des produits de marques ? Quelles sont les transformations qui touchent la famille contemporaine ?
Cette diversité explique aisément la perspective généraliste et interdisciplinaire qui caractérise les études en sociologie proposées à l’Université de Neuchâtel. Cette perspective permet à la fois l’acquisition d’outils d’analyse propres aux méthodes d’enquête et l’apprentissage de disciplines voisines (économie, droit, géographie, ethnologie, science politique, etc.). Les étudiant-e-s disposent ainsi d'une formation polyvalente qui accroît leur souplesse d'adaptation et leurs possibilités de mobilité professionnelle.

L’économie territoriale, telle qu’elle est pratiquée à Neuchâtel, puise ses racines théoriques et méthodologiques dans l’économie institutionnaliste ainsi que dans la géographie économique. Tout en s’inscrivant dans des traditions différentes, l’une économique, l’autre géographique, ces deux écoles se fondent sur l’articulation du spécifique et du général, de l’individuel et du collectif, du local et du mondial.
Les principaux thèmes de recherche portent sur l’innovation, la circulation et l’ancrage de la monnaie et du capital, la circulation et l’ancrage du travail et des compétences. Ces différents thèmes sont abordés par le territoire, c’est-à-dire par le milieu, la ville, la région, la frontière, la proximité, etc.
Les questions socio-économiques ne peuvent se comprendre ni indépendamment de l’espace et du temps, ni abstraitement, sans référence à des situations concrètes, situées et datées. Toute activité économique s’insère dans des réseaux à la fois locaux, nationaux et internationaux. Ainsi, les questions relatives à la « globalisation » font implicitement référence à cet emboîtement des échelles : en quoi les transformations technologiques, la concurrence des pays nouvellement industrialisés, les mouvements internationaux des capitaux, les flux migratoires, etc. affectent-ils l’économie locale, ici, maintenant ou dans un futur proche ou plus lointain ? L’économie territoriale cherche à comprendre et expliquer la manière dont s’organisent les activités, non pas de manière abstraite et générale, mais en situation.
Si pour l’instant il n’y a pas de formation centrée spécifiquement sur l’économie territoriale à l’Université de Neuchâtel, des enseignements sur ce thème y sont offerts et la recherche y est active.