L'Institut d'archéologie offre plusieurs cursus d'étude :

Le pilier en archéologie du Bachelor en lettres et sciences humaines avec :

• une formation de base en archéologie (Préhistoire, Antiquité) et en sciences de l'Antiquité
• un renforcement permettant de prendre des cours supplémentaire en archéologie, géologie, biologie, histoire ancienne, ethnologie, etc.
• de nombreux stages
• un cadre d'enseignement idéal dans le musée du Laténium

Le pilier en archéologie du Master en sciences historiques avec :

• le Master en sciences historiques propose un cursus d'étude à 90 ou 120 ECTS. En plus d'une solide formation disciplinaire en archéologie, il offre un groupe d'enseignement en commun avec l'histoire et l'histoire de l'art et un nombre important d'enseignement ancrés dans une des trois disciplines, mais ouverte aux deux autres
• un tronc commun de 9 ECTS avec les autres sciences historiques favorisant la transdisciplinarité
• des cours en commun avec trois autres Universités (Fribourg, Franche-Comté et Bourgogne)
• des approches théoriques et épistémologiques
• des stages pratiques en musée, en laboratoire, sur des chantiers de fouille prestigieux
• une insertion professionnelle possible dans le cadre de ses études

Le doctorat, qui n'implique pas de cours mais pour lequel la participation à Ecole doctorale romande en sciences de l'Antiquité (EDOCSA) est vivement conseillée.

Selon la filière d'étude choisie, l'étudiant peut compléter son approche de l'archéologie par des disciplines complémentaires comme les langues et les littératures antiques et médiévales, l'histoire ancienne et médiévale, l'histoire de l'art ou l'ethnologie. De multiples combinaisons peuvent être possibles entre ces différentes disciplines, notamment celles rattachées aux sciences historiques, assurant un dialogue constant entre des approches très diversifiées.