La qualité de l’enseignement est une préoccupation permanente de l’UniNE, qui ambitionne de former ses étudiantes et étudiants afin qu'elles et ils seront capables de mobiliser avec créativité les connaissances acquises au cours de leurs études, de prendre des responsabilités et de conduire des projets. Cet objectif, qui implique l’institution dans son ensemble, suppose de veiller à proposer un environnement stimulant pour les activités d’enseignement et d’apprentissage et de prêter une attention particulière aux dimensions suivantes: 

• la qualité des pratiques enseignantes et des dispositifs d'évaluation des connaissances;
• l'adéquation entre les objectifs d'apprentissage des enseignements et la visée formative des cursus d'étude;
• la complémentarité entre les formes d'enseignement proposées (cours, séminaires, travaux pratiques, participation à des travaux de recherches, e-learning, etc.);
• les modalités d'initiation des étudiantes et étudiants aux activités de recherche;
• les conditions d'enseignement et d'études (équipement des salles de cours et des laboratoires, espaces de lecture et de travail, ressources documentaires, outils et supports informatiques, etc.). 

La charte pédagogique de l'UniNE explicite l’importance que l’Université accorde à l’établissement d’une relation de confiance entre étudiant-e-s et enseignant-e-s ainsi qu’à un engagement mutuel qui constitue un terrain propice à l’amélioration continue de la qualité des enseignements