Le SFM collabore étroitement avec différents instituts de l'Université de Neuchâtel, en particulier dans le cadre de la MAPS (Maison d'analyse des processus sociaux). Des manifestations scientifiques sont également organisées et réalisées en commun.

De plus, diverses institutions et organisations en Suisse et à l'étranger trouvent dans le SFM un partenaire fiable pour des travaux en commun. Des coopérations soutenues et à long terme ont été établies avec:

National Center of Competence in Research – The Migration-Mobility Nexus (NCCR)
nccr-onthemove.ch Presentation

Maison d'analyse des processus sociaux (MAPS)
unine.ch/maps

Centre suisse de compétence pour les droits humains (CSDH)
skmr.ch

International Migration, Integration and Social Cohesion: network of scholars (IMISCOE)
imiscoe.org